Fue fundado por fray Donatello de Oldtown, un misionero que buscaba instruir a los futuros obispos y hombres que se dedicarían a la iglesia, en el mundo de filosofía y artes mundanas. Su contrucción es de estilo románico, comenzado a construir en 1286, por George Lock, un prestigiado arquitecto. Se le llamó "el caballero negro", porque aseguraban que durante la construcción del lugar, se aparecía un jinete de armadura negra y atravesaba la construcción su enorme caballo blanco. Desde luego esto se vio cómo un mal augurio; sin embargo Donatello insistió que se continuara con la obra, "nada debía detener al estudio". Las apariciones de este jinete eran muy frecuentes, por lo que los mismos trabajadores dejaron de temerle, y empezaron a respetarlo. Donatello vio a esa aparición cómo un espíritu que buscaba la paz, le pidió en sus sueños permiso para construir ese instituto, ya que serviría para el bien de la sociedad. Desde entonces, el cabellero negro dejo de manifestarse, a cambio, Donatello fundó con ese nombre el instituto.
Donatello era muy estricto con el ingreso de nuevos estudiantes, así que era un desafío lograr entrar. Debían ser muy devotos a la iglesia y al estudio, quien no pudiera aguantar el ritmo, era expulsado sin más. Las lecturas eran pesadas, y su análisis, aun más, al grado, de que se corrió el rumor de que los estudiantes debían memorizar los tratados y otros libros en muy poco tiempo. Algunos pobladores de alrededor, aseguraban que escuchaban cómo varios de los estudiantes, recitaban en voz alta las líneas completas de los tratados.
A la muerte de Donatello, le siguió su alumno más destacado, Marco de Greenwich, quien cambió algunas políticas del insituto, como: aceptar el ingreso de jóvenes a partir de los 15 años, ya que con Donatello, entraban a los 11 años; incluir más materias como algebra, pintura, dialéctica y el estudio de obras filosóficas que eran descubiertas en esa época, así como la medicina y astronomía.
Con la llegada del Rebacimiento, el instituto se enfocó más en las artes y ciencias que en la teología, y obviamente, abordando las materias desde un punto de vista más humano y científico.

En esta época, el nuevo directo era Hipolito Saavedra, un erudito español con ideas muy revolucionarias. Hablaba muy bien, además de su lengua natal, el inglés, francés, alemán y latín. Por lo que incluyó en las materias de estudio, el aprendizaje de nuevas lenguas. Hipolito estrucuró mejor el sistema académico, con horarios y días más específicos en el impartimiento de materias, así como una mejor división del equipo docente. Fue el primero que permitió el ingreso de mujeres, algo muy criticado en esos días. No obstante, las mujeres sólo podián tomar clases de pintura y alguna lengua a su elección que quisieran aprender.
Luego de Hipolito, el Instituto volvió a aceptar solamente a estudiantes varones.

A pesar del paso del tiempo y algunos saqueos que sufrió el instituto, se conservó su arquitectura medieval tanto exterior como interior, algo por lo que comenzó también a distinguirse. No obstante, a finales del siglo XVIII, sufrió un terrible saqueo por parte de un grupo que estaba en contra del ingreso de estudiantes contra natura u homosexuales; pues su director en ese entonces, Andrew Michels, estaba a favor de que todos los hombres debían recibir preparación académica. Muchos se aglomeraban fuera de las enormes puertas del instituto injuriando a Andrew y a los estudiantes homosexuales. Varios sacaron a sus hijos del instituto y se vino una de las peores épocas para el colegio. Sin embargo, Andrew no desistió y continuó con la enseñanza en el instituto. Por lo que con el tiempo, fue haciéndose exclusivo para varones homosexuales. Luego de años, se dio ese terrible suceso: el saqueo del colegio. Quemaron varios volúmenes de estudio, y el interior de muchas habitaciones, lamentablemente, con alumnos dentro, y extrajeron casi todo el dinero. Por más que Andrew denunció esto a las autoridades, no recibió apoyo ni seguimiento, debido a que se trataba de estudiantes homosexuales y de un instituto "que enseñaba a pervertidos cosas inmundas". Debido a esto, Andrew cayó enfermo y falleció luego de tres meses. Como no había quien se convirtiera en el siguiente director, las autoridades cerraron el lugar por más de 60 años.
Sn embargo, un noble de buen corazón, adquirió el lugar y lo adaptó a un orfanato exclusivo de varones, pero sólo heterosexuales. El colegio volvió a abrir sus puertas en 1840, simplemente como orfanato, donde se impartían disciplinas básicas: algebra, retórica, música y teatro. Si querían licenciarse, debían ingresar a una universidad. Así se mantuvo hasta la era del siglo XX, en la década de los 50. Cuando un escritor muy famoso y adinerado, compró el instituto y le volvió a dar su espíritu académico, esta vez, abarcando hasta estudios superiores y de posgrado. Hubo un tiempo en que se aceptó a mujeres, pero debido a los muchos rumores que se extendieron sobre adolescentes embarazadas por sus profesores, y que por cierto, no eran ciertos del todo, el escritorr, Alexander Cole, cerró las puertas para las féminas y sólo se aceptaban varones sin importar su orientación sexual, claro que también hubo protestas por esta medida, pero Alexander se mantuvo reacio y no cambió las políticas.
Sin embargo, una noche, uno de los estudiantes pilló a Alexander con otro estudiante, por lo que se levantó una orden de cerrar inmediatamente el lugar, pero gracias a las manifestaciones de los estudiantes, el instituto permaneció abierto.

Ahora, hay un nuevo director, no le importa si sus estudiantes son heterosexuales u homosexuales, él los acepta, siempre y cuando pasen el examen de admisión y se apliquen en sus estudios, el Instituto continúa siendo un colegio de alto rendimiento y no aceptara alumnos con promedios menores a 7.